Gli inibitori chimici di ZNF404 possono esercitare i loro effetti attraverso diverse vie molecolari che sono parte integrante della funzione della proteina. Dasatinib, attraverso l'inibizione delle chinasi della famiglia Src, interrompe gli eventi di fosforilazione che sono essenziali per l'attività di ZNF404. Analogamente, AZD0530 e PD173955 hanno come bersaglio anche queste chinasi, limitando le cascate di segnalazione da cui dipende ZNF404. Questo blocco delle vie guidate dalle chinasi garantisce che ZNF404 non possa funzionare in modo ottimale. Palbociclib agisce inibendo CDK4/6, chinasi che potenzialmente influenzano i meccanismi del ciclo cellulare e della proliferazione che ZNF404 può governare, impedendo così a ZNF404 di esercitare i suoi effetti regolatori.
Più in basso nelle vie di segnalazione, la funzione di ZNF404 può essere ostacolata da sostanze chimiche come PF-562271 e Y-27632, che inibiscono rispettivamente le chinasi FAK/Pyk2 e ROCK. Queste chinasi sono coinvolte nella regolazione dell'adesione cellulare, della migrazione e dell'organizzazione citoscheletrica, processi che ZNF404 può contribuire a controllare. Ostacolando queste vie, le capacità regolatorie di ZNF404 vengono compromesse. GDC-0941 e LY294002 hanno come bersaglio PI3K, una chinasi centrale nella via di segnalazione PI3K/AKT, che ZNF404 può utilizzare. L'inibizione di questa via limita l'attività degli effettori a valle, necessari per la funzione di ZNF404. U0126, SP600125 e SB203580 agiscono sulle vie di segnalazione MAPK inibendo rispettivamente MEK1/2, JNK e p38 MAP chinasi. Questi inibitori contribuiscono collettivamente alla riduzione dell'attività delle vie MAPK/ERK e JNK, che sono potenziali regolatori di ZNF404.
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