Os inibidores de YPEL2, como a rapamicina, o LY294002 e a wortmannina, têm como alvo a via PI3K/AKT/mTOR, que é fundamental para o crescimento e a sobrevivência celular, e a sua ação inibidora pode levar a uma diminuição da atividade ou da expressão de YPEL2. Do mesmo modo, compostos como U0126, SP600125 e SB203580, que inibem a sinalização MAPK, podem alterar as funções de YPEL2, presumindo-se o seu envolvimento no controlo do ciclo celular e na apoptose.
A tricostatina A, um inibidor da histona desacetilase, pode alterar os perfis de expressão genética, afectando potencialmente a expressão de YPEL2. Por outro lado, o 17-AAG desestabiliza as proteínas através da inibição da proteína chaperona Hsp90, que pode incluir a YPEL2 entre as suas proteínas clientes. A roscovitina tem como alvo as cinases dependentes da ciclina e pode suprimir a atividade da YPEL2 ao impedir a divisão celular. Os compostos que perturbam a função dos organelos, como a brefeldina A e a tapsigargina, também podem afetar indiretamente a YPEL2; a brefeldina A interrompe o tráfico de proteínas e a tapsigargina desencadeia o stress do ER, podendo ambos modificar o contexto e a atividade celular da YPEL2.
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