WDR88の化学的阻害剤は、様々なメカニズムで作用し、細胞内シグナル伝達経路におけるWDR88の機能を阻害する。WortmanninとLY294002は、ホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)の特異的阻害剤であり、PI3K/AKT経路において極めて重要な役割を果たしており、細胞の増殖と生存シグナルにしばしば関与している。PI3Kを阻害することにより、これらの化学物質はWDR88の機能に必須と思われる下流のエフェクターの活性化を阻害し、細胞内でのWDR88の役割を阻害することができる。プロテインキナーゼC(PKC)の強力な阻害剤であるGo6976による阻害は、WDR88の機能がPKC依存性の経路を介するものであれば、PKCの阻害によってその活性が阻害されることを示唆している。同様に、ML7は細胞骨格形成に関与する酵素であるミオシン軽鎖キナーゼ(MLCK)を標的としている。MLCK活性に依存するプロセスにおけるWDR88の役割は、ML7によって影響を受け、細胞骨格ダイナミクスにおけるWDR88の機能の阻害につながると考えられる。
さらに、SB203580とPD98059は、MAPKシグナル伝達経路の構成要素であるp38 MAPキナーゼとMEKをそれぞれ阻害する。もしWDR88がその機能をp38 MAPKまたはERKシグナルに依存しているのであれば、これらのキナーゼの阻害はWDR88が関与するシグナル伝達カスケードを混乱させるであろう。c-Jun N末端キナーゼ(JNK)の阻害剤であるSP600125とRho-associated protein kinase(ROCK)の選択的阻害剤であるY-27632は、それぞれの経路を通してWDR88を制御しうるキナーゼを標的としている。JNKまたはROCKの阻害は、おそらくこれらの経路によって制御されるプロセスにおけるWDR88の活性の低下につながるであろう。ホスホリパーゼC(PLC)を阻害するU73122とカルシウムキレーターであるBAPTA-AMは、カルシウム依存性のシグナル伝達を阻害する。WDR88はこのようなシグナル伝達によって制御されている可能性があるため、これらの使用はカルシウムを介する経路におけるWDR88の役割の阻害につながる可能性がある。さらに、KN-93とPP2は、それぞれカルシウム/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII(CaMKII)とSrcファミリーチロシンキナーゼの阻害剤であり、細胞内でWDR88の活性の上流制御因子である可能性のあるこれらのキナーゼを阻害することにより、WDR88の関連機能に影響を与える。
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