Os inibidores do WDR6 são um conjunto diversificado de compostos químicos que visam várias vias de sinalização e processos celulares para diminuir a atividade funcional do WDR6. A rapamicina, um inibidor do mTOR, suprime o crescimento e a proliferação celular, o que diminui a necessidade do envolvimento do WDR6 na progressão do ciclo celular, enquanto o inibidor da histona desacetilase Tricostatina A modifica a estrutura da cromatina e a expressão genética, o que pode reduzir o papel do WDR6 na montagem dos nucleossomas. Do mesmo modo, a mitomicina C impede a replicação e a transcrição do ADN, diminuindo a dependência celular do WDR6 na reparação de danos no ADN. O U0126 e o LY 294002, inibidores das vias MEK e PI3K, respetivamente, resultam num bloqueio das vias de sinalização MAPK/ERK e AKT a jusante, conduzindo indiretamente a uma diminuição dos processos celulares que requerem a atividade do WDR6.
Além disso, a esturosporina, um inibidor da proteína quinase de largo espetro, pode limitar os eventos de fosforilação no ciclo celular, afectando a função do WDR6 neste processo. A brefeldina A interrompe a montagem do complexo de Golgi, o que pode interferir com a participação do WDR6 no tráfico de proteínas. A cafeína, ao inibir a fosfodiesterase, leva a níveis elevados de cAMP, o que pode alterar os estados de fosforilação e diminuir o papel do WDR6 nas vias de sinalização. A Wortmannin, outro inibidor da PI3K, interrompe a sinalização da AKT, diminuindo indiretamente os processos dependentes do WDR6. O análogo da glucose 2-Deoxi-D-glucose e o Monastrol, um inibidor da cinesina Eg5, visam a produção de energia e a divisão celular, reduzindo potencialmente a necessidade de WDR6 nestas áreas. Por último, a Roscovitina, ao inibir as cinases dependentes da ciclina, pode parar o ciclo celular, diminuindo potencialmente o papel do WDR6 neste processo celular crítico.
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