L'attivazione di WDR31 è strettamente legata alla modulazione delle vie di segnalazione intracellulare. Alcuni composti a piccole molecole possono potenziare l'attività di WDR31 aumentando i secondi messaggeri intracellulari, come il cAMP. Questo aumento di cAMP si ottiene attraverso la stimolazione diretta dell'adenilciclasi o attraverso l'inibizione delle fosfodiesterasi, enzimi che degradano il cAMP. Il conseguente aumento dei livelli di cAMP può attivare la protein chinasi A (PKA), che fosforila substrati specifici, tra cui WDR31. Questa fosforilazione promuove l'attivazione funzionale di WDR31, consentendogli di partecipare più efficacemente ai suoi ruoli cellulari. Inoltre, gli analoghi del cAMP in grado di permeare le membrane cellulari servono anche ad attivare la PKA, creando uno stato di attivazione prolungato che supporta ulteriormente la funzione di WDR31.
Oltre all'asse cAMP-PKA, l'attività di WDR31 è modulata anche da vie di segnalazione calcio-dipendenti. I composti che agiscono come ionofori o attivatori dei canali del calcio aumentano la concentrazione intracellulare di calcio, che a sua volta può attivare uno spettro di protein chinasi calcio-dipendenti. Queste chinasi sono in grado di fosforilare WDR31, potenziandone l'attività. Contemporaneamente, l'inibizione delle fosfatasi proteiche, che normalmente contrastano l'attività delle chinasi de-fosforilando i substrati, porta a un aumento netto della forma fosforilata e attiva di WDR31. Tali inibitori della fosfatasi assicurano che WDR31 rimanga in uno stato attivato impedendo la rimozione dei gruppi fosfato, mantenendo così l'attività della proteina e promuovendo il suo ruolo all'interno della cellula.
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