Os inibidores químicos da USP41 utilizam uma variedade de mecanismos para afetar a sua função nos processos celulares. A tricostatina A, um conhecido inibidor da histona desacetilase, aumenta a acetilação das histonas, o que pode levar a alterações na estrutura da cromatina. Estas alterações têm efeitos a jusante na acessibilidade do ADN, o que pode inibir a atividade da USP41, alterando a sua interação com a cromatina ou com as suas proteínas de substrato. A cloroquina, ao aumentar o pH dos lisossomas, interfere com as vias de degradação, como a autofagia. A perturbação destas vias pode afetar a renovação ou a reciclagem da USP41, conduzindo, em última análise, à sua inibição funcional. O MG132 e o bortezomib são inibidores do proteassoma que provocam uma acumulação de proteínas poliubiquitinadas. Esta saturação do sistema ubiquitina-proteassoma pode impedir a capacidade da USP41 de se ligar e processar os seus substratos, o que é essencial para a sua atividade de desubiquitinação.
Outros compostos, como a Eeyarestatina I, interferem com a via de degradação associada ao retículo endoplasmático através da inibição da p97 ATPase, levando a uma acumulação de proteínas mal dobradas no ER que pode afetar a função da USP41. A Lactacistina e a Epoxomicina, ambos inibidores do proteassoma, levam à acumulação de proteínas ubiquitinadas. Esta acumulação pode competir com ou saturar a USP41, reduzindo a sua eficácia. O fulvestrant, ao visar os receptores de estrogénio para degradação proteasomal, pode inibir indiretamente o USP41, ocupando o proteasoma e limitando o acesso do USP41 aos seus substratos. A withaferina A liga-se e inibe a atividade proteasomal, o que pode causar uma acumulação de proteínas que normalmente requerem a USP41 para a desubiquitinação. A O-fenantrolina, um quelante de iões metálicos, embora não iniba diretamente a USP41, pode afetar várias enzimas dependentes de metais e vias celulares que influenciam indiretamente a atividade da USP41. Por último, o MLN4924 e o ácido ginkgólico actuam a montante, inibindo a enzima activadora NEDD8 e a enzima activadora SUMO, respetivamente, afectando o turnover das cadeias de ubiquitina e os processos de SUMOilação que podem ter impacto no papel funcional da USP41.
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