Gli inibitori del proteasoma, come MG132, bortezomib ed epoxomicina, aumentano il pool di proteine ubiquitinate bloccandone la degradazione. Questo accumulo può indirettamente aumentare la richiesta di attività di UBE2Z, poiché la cellula cerca di gestire l'eccesso di substrati ubiquitinati. Allo stesso modo, composti come il TAK-243, che inibiscono l'enzima attivatore dell'ubiquitina E1, portano a un accumulo di proteine coniugate con l'ubiquitina che può richiedere un'azione potenziata di UBE2Z per mantenere l'omeostasi cellulare. L'attività di UBE2Z è influenzata indirettamente anche da talidomide, lenalidomide e pomalidomide. Questi agenti modulano la specificità del substrato delle E3 ligasi, alterando potenzialmente il panorama dell'ubiquitinazione e i tipi di proteine che UBE2Z aiuta a marcare con l'ubiquitina. Influenzando la selezione dei substrati per l'ubiquitinazione, possono aumentare indirettamente il carico di lavoro catalitico di UBE2Z.
Lungo il percorso ubiquitina-proteasoma, MLN4924 interrompe l'attivazione di NEDD8, una proteina ubiquitina-simile che regola l'attività delle ligasi cullina-RING. Questa interferenza può causare cambiamenti nel processo di ubiquitinazione che possono coinvolgere indirettamente l'attività di UBE2Z a causa di dinamiche alterate nella disponibilità e nel turnover del substrato. Gli inibitori delle deubiquitinasi, come IU1, che ha come bersaglio USP14, portano all'accumulo di proteine ubiquitinate impedendo la loro deubiquitinazione, aumentando potenzialmente le richieste funzionali poste a UBE2Z. Gli inibitori dell'autofagia, come la clorochina, contribuiscono all'aumento dei livelli di substrati ubiquitinati, che possono indirettamente aumentare la necessità dell'attività di coniugazione dell'ubiquitina di UBE2Z.
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