Chemische Inhibitoren von TMEM9B greifen in verschiedene zelluläre Prozesse ein, die für die richtige Lokalisierung, Stabilität und Aktivität des Proteins in der Zelle wichtig sind. Brefeldin A zum Beispiel stört die Funktion des Golgi-Apparats, der für die Verarbeitung und den Transport von Transmembranproteinen wie TMEM9B unerlässlich ist, was zu dessen Funktionsstörung führt. Genistein kann als Tyrosinkinaseinhibitor Phosphorylierungsereignisse hemmen, die möglicherweise für die Aktivierung oder Funktion von TMEM9B entscheidend sind. In ähnlicher Weise zielt Dynasore auf die GTPase Dynamin ab, die für die Endozytose wesentlich ist, was das endozytische Recycling oder den Abbau von TMEM9B beeinflussen kann. U18666A und Filipin stören beide die Cholesterinhomöostase bzw. die Integrität des Lipid Rafts, was die Membranumgebung, in der TMEM9B sich befindet und aktiv ist, verändern kann. Die Hemmung der Sphingomyelinase durch GW4869 verändert den Sphingomyelin- und Ceramidspiegel, was die membranassoziierten Aktivitäten von TMEM9B weiter beeinträchtigt.
Darüber hinaus beeinflussen Verbindungen wie Monensin und Ionomycin den Ionengradienten bzw. den intrazellulären Kalziumspiegel, was den pH-Wert und die kalziumabhängigen Signalwege beeinflussen kann, die für die Funktion von TMEM9B relevant sind. Gö6976 hemmt die Proteinkinase C und verändert damit möglicherweise den Phosphorylierungszustand von TMEM9B oder seiner Interaktionspartner, der für die Aktivität von TMEM9B notwendig ist. Nystatin, das an Membransterine bindet, kann die Struktur der Membran stören und damit die Konformation und Funktion von TMEM9B beeinträchtigen. Schließlich hemmt Tunicamycin die N-gebundene Glykosylierung, eine Modifikation, die für die ordnungsgemäße Faltung, Stabilität oder den Transport von TMEM9B entscheidend sein könnte, was zu seiner funktionellen Hemmung führt.
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