TFIIIBの化学的阻害剤は、転写装置や関連する細胞内プロセスの様々な側面を標的として阻害を達成する。トリプトライドは、TFIIIBの転写活性にとって重要なRNAポリメラーゼIIの活性を直接阻害し、その機能を低下させる。同様に、α-アマニチンはRNAポリメラーゼIIに結合して阻害し、TFIIIBが依存している転写の停止をもたらす。DRBは5,6-ジクロロ-1-β-D-リボフラノシルベンズイミダゾールとして知られ、転写伸長に必要不可欠な翻訳後修飾であるRNAポリメラーゼIIのリン酸化を阻害することで作用し、TFIIIBの機能を阻害する。アクチノマイシンDはDNAにインターカレートし、TFIIIBを含む転写複合体の形成を阻害し、カンプトテシンはDNA-トポイソメラーゼI複合体を捕捉し、それによってTFIIIBを含む転写の進行を阻害する。フラボピリドールは正転写伸長因子b(P-TEFb)の一部であるCDK9を阻害し、このCDK9はTFIIIBの完全な機能に必要である。
TFIIIBに対する更なる阻害効果は、DNAトポロジーとクロマチン構造を標的とする薬剤によって達成される。ICRF-193とICRF-187は共にDNAトポイソメラーゼIIに結合する。この酵素はDNAのトポロジー状態を調節する酵素であり、RNAポリメラーゼIIによる転写、ひいてはTFIIIBの活性に不可欠である。レプトマイシンBは、エキスポキシンに結合することによって核外輸送を阻害し、特定の転写因子の核内での利用可能性を低下させ、転写因子の濃度が不十分なためにTFIIIB活性を低下させる可能性がある。コルジセピンはmRNA合成の早期終結を引き起こし、その結果TFIIIBの転写活性が低下する可能性がある。トリコスタチンAはヒストン脱アセチル化酵素を阻害し、TFIIIBが関与する転写活性の低下につながるクロマチン構造の変化を引き起こす。最後に、オキサリプラチンはDNA付加体と鎖間架橋を形成し、RNAポリメラーゼIIの進行を阻害するため、TFIIIBの転写関与を阻害する。これらの化学物質はそれぞれ、転写装置やDNA基質との明確な相互作用を通して阻害効果を発揮し、最終的にTFIIIBの機能的能力を低下させる。
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