SCML1-Aktivatoren wirken vor allem durch ihren Einfluss auf Chromatin-Umgestaltungsprozesse. SCML1 ist Teil des Polycomb-Gruppen-Komplexes (PcG), der direkt an der Transkriptionsunterdrückung durch Chromatinumstrukturierung beteiligt ist. Dieser Komplex übt seine Funktion aus, indem er die Chromatinstruktur verändert, und jede Veränderung des Chromatinzustands kann die Aktivität von SCML1 direkt beeinflussen. So fördern beispielsweise Trichostatin A, Suberanilohydroxamsäure (SAHA), Scriptaid, Oxamflatin, MS-275, MC1568 und Natriumbutyrat, allesamt Histondeacetylase-Inhibitoren, die Acetylierung von Histonen, was zu einem entspannten Chromatinzustand führt, der die funktionelle Aktivität von SCML1 steigern kann. In ähnlicher Weise kann BIX-01294, ein G9a-Histon-Methyltransferase-Inhibitor, zu einem Rückgang der Histon-Methylierung führen, was den Umbau des Chromatins fördert und folglich die funktionelle Aktivität von SCML1 erhöht.
Eine zweite Gruppe von SCML1-Aktivatoren, darunter 5-Azacytidin, 5-Aza-2'-Deoxycytidin und RG108, sind DNA-Methyltransferase-Inhibitoren. Diese Verbindungen bewirken eine Demethylierung der DNA, eine weitere Form des Chromatinumbaus, die die funktionelle Aktivität von SCML1 verstärken kann. Mithramycin A, ein DNA-bindendes Antibiotikum, ist ein weiterer Aktivator von SCML1. Indem es die Bindung von Transkriptionsfaktoren an die DNA beeinträchtigt, verändert es die Genexpression und kann SCML1 indirekt aktivieren.
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