Rpp30阻害剤は、主にRNA合成、プロセシング、成熟の調節を中心に設計されている。Rpp30はtRNAの成熟において極めて重要な役割を果たしており、その機能はRNA代謝の広範なプロセスや経路に影響を与えることによって調節することができる。α-アマニチンやアクチノマイシンDのような化学物質はRNA合成を停止させ、それによってRpp30が作用するRNA基質の存在量や動態に影響を与える可能性がある。
一方、コーディセピンやトヨカマイシンのようなヌクレオシドアナログは、本来のヌクレオチドを模倣するが、阻害作用がある。RNA合成中にこれらの化合物を取り込むと、正常なRNA代謝が阻害され、間接的にRpp30が関与するプロセスが変化する。同様に、スプライセオスタチンAやプラジエノライドBのようにスプライシングに影響を与える化合物は、RNAプロセシングの景観を形成し、Rpp30が関与する操作に間接的に影響を与える可能性がある。
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