Rpp25の化学的阻害剤は、様々な方法でRNAプロセシング経路におけるその機能を阻害することができる。サイクリン依存性キナーゼ阻害剤であるアルスターパウロンは、Rpp25が働くRNAプロセシング機構内のタンパク質の活性化に必要なリン酸化を阻害することができる。同様に、ロスコビチンはサイクリン依存性キナーゼを標的として、必須なリン酸化過程を阻害するため、RNA成熟におけるRpp25の役割を阻害する可能性が高い。5,6-ジクロロ-1-β-D-リボフラノシルベンズイミダゾール(DRB)は、Rpp25の基質となるmRNA前駆体の転写を担うRNAポリメラーゼIIを特異的に阻害し、基質の利用可能性が低下するためにRpp25の機能的活性が低下する。もう一つの幅広いキナーゼ阻害剤であるフラボピリドールは、RNAポリメラーゼIIと関連因子のリン酸化を阻害し、Rpp25のRNAプロセシングへの関与を損なうと考えられる。
Triptolideとα-AmanitinはRNAポリメラーゼIIの強力な阻害剤であり、RNA合成の減少に直接つながり、Rpp25によるプロセシングを必要とするRNA前駆体の減少につながる。アクチノマイシンDは、DNAにインターカレートすることによって、Rpp25によってプロセシングされたRNAを含むRNAの転写を阻害し、それによってタンパク質の主要な機能を阻害する。ジスタマイシンAはDNAの小溝に結合し、転写因子の結合とそれに伴う転写を阻害し、Rpp25が処理できるRNAを減少させる。ミトキサントロンは、DNAインターカレーションとトポイソメラーゼII阻害により、RNAの合成を減少させ、その基質を制限することにより間接的にRpp25を阻害する。アデノシンアナログであるコルディセピンは、RNAの取り込みと同時にRNA合成を終了させ、それによってRNAレベルを制限し、Rpp25のRNAプロセシング活性を阻害する。ホモハリントニンは翻訳伸長段階でのタンパク質合成を阻害することによって作用し、細胞内のRNAプロセシングの効率に影響を与えることによって間接的にRpp25を阻害することができる。最後に、タウトマイシンはタンパク質リン酸化酵素PP1とPP2Aの阻害剤として、RNAプロセシングに関与するタンパク質のリン酸化状態を変化させ、この経路におけるRpp25の機能を阻害する可能性がある。
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