Os inibidores químicos do fator regulador X-B (RFX-B) funcionam principalmente através de mecanismos indirectos, uma vez que o próprio RFX-B não é o alvo direto destes compostos. Estes produtos químicos perturbam as vias de sinalização que estão a montante ou que são parte integrante das actividades de regulação da transcrição do RFX-B, em especial o seu papel na modulação da expressão dos genes da classe II do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC-II). Compostos como a Ciclosporina A, a Ascomicina, o Tacrolimus, o Pimecrolimus e a Sotrastaurina actuam inibindo a enzima calcineurina. Ao ligarem-se às suas respectivas imunofilinas (ciclofilinas para a ciclosporina A e FKBP12 para as outras), estas moléculas prejudicam a atividade de desfosforilação da calcineurina. Esta inibição impede que o fator nuclear das células T activadas (NFAT) se desloque para o núcleo e se ligue às regiões promotoras dos genes do MHC-II, uma etapa em que se sabe que o RFX-B está envolvido. Consequentemente, a capacidade do RFX-B para regular a expressão destes genes é diminuída.
Outros produtos químicos, como o Sirolimus, também conhecido como Rapamicina, visam uma via diferente, ligando-se ao FKBP12, mas o seu principal modo de ação é através da inibição do alvo da rapamicina nos mamíferos (mTOR). Ao limitar a atividade do mTOR, o sirolimus interfere com uma série de programas de transcrição que podem afetar indiretamente o papel do RFX-B na expressão genética. Além disso, os inibidores da PKC, Rottlerin e Sotrastaurin, podem suprimir a ativação do NFAT, prejudicando a sinalização a montante, o que leva a uma regulação negativa semelhante da expressão genética mediada pelo RFX-B. Além disso, compostos como a Curcumina, o Resveratrol, o PDTC, o Bay 11-7082 e o MG-132 têm como alvo a via do NF-κB. Estes inibidores restringem a ativação e a translocação nuclear do NF-κB, que, por sua vez, é essencial para a ativação total de determinados genes MHC-II que estão sob a alçada reguladora do RFX-B. Ao inibir o NF-κB, estes compostos reduzem a expressão dos genes do MHC-II, inibindo assim a funcionalidade do RFX-B neste contexto. Em geral, a ação colectiva destes inibidores resulta numa capacidade funcional reduzida do RFX-B para regular os seus genes alvo no sistema imunitário.
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