PRX VI阻害剤は、主に細胞の酸化ストレス応答、シグナル伝達経路、またはその他の関連プロセスを調節することによって、間接的にペルオキシレドキシンVIの活性に影響を与える化合物からなる。これらの阻害剤はPRX VIを直接標的とするわけではないが、その正常な機能にとって重要な細胞環境やメカニズムに影響を与える。オーラノフィンやメタンスルホン酸メチルなどの阻害剤は、細胞の酸化還元バランスに影響を与える。オーラノフィンはチオレドキシン還元酵素を阻害することで、細胞内の酸化ストレスを増大させ、PRX VIの過酸化物還元能を圧倒する。同様に、アルキル化剤であるメタンスルホン酸メチルは酸化ストレスを誘発し、PRX VIが酸化的負担を効果的に管理する能力を超えて、PRX VIの活性を阻害する可能性がある。N-エチルマレイミドや過酸化水素などの化合物も、細胞の酸化還元状態を変化させることで機能する。NEMのシステイン残基をアルキル化する能力は、PRX VIの必須官能基を変化させることで間接的にPRX VIに影響を与える可能性があり、一方、過酸化水素が過剰になると、過剰な量の基質を供給することでPRX VIを阻害する可能性がある。
他の阻害剤は、PRX VIに間接的に影響を与える細胞機能の異なる側面を標的としている。例えば、クロロキンはリソソーム機能とオートファジー経路を変化させ、PRX VIが活動する細胞環境に影響を与える。スタウロスポリンは幅広いキナーゼ阻害プロファイルを持つため、PRX VIの活性に関連するシグナル伝達経路を変化させる可能性がある。亜ヒ酸ナトリウムと塩化カドミウムは、異なるメカニズムで酸化ストレスを誘導し、やはりPRX VIの能力を超えて酸化負荷を増大させることにより、PRX VIを阻害する。
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