A forskolina e o IBMX aumentam o AMPc intracelular, o que leva à ativação da proteína quinase A (PKA). A PKA pode fosforilar uma grande variedade de proteínas, algumas das quais podem interagir ou regular a PDZD9. A fosforilação induz frequentemente mudanças conformacionais ou altera as interacções proteicas, o que pode ter efeitos a jusante na função das proteínas. Outros produtos químicos deste grupo, como o PMA, activam diretamente a proteína quinase C (PKC), outra quinase que fosforila um vasto espetro de substratos celulares, incluindo potencialmente proteínas que contêm o domínio PDZ, como a PDZD9.
Os compostos como o LY294002 e a Wortmannin têm como alvo a via PI3K/AKT, uma via de transdução de sinal fundamental que regula o crescimento, o metabolismo e a sobrevivência das células. A modulação desta via por estes inibidores pode ter efeitos generalizados na função celular, afectando possivelmente a PDZD9. Os inibidores da via das MAPK, como o PD98059 e o U0126, oferecem outra via de ativação indireta, modulando a cascata de sinalização que pode cruzar-se com a regulação da PDZD9. A inibição da JNK e da p38 MAPK por SP600125 e SB203580, respetivamente, representa um outro mecanismo pelo qual estes produtos químicos podem influenciar a atividade da PDZD9. O papel da rapamicina como inibidor do mTOR coloca-a na posição de regulador do crescimento celular e da síntese proteica, processos que podem ser críticos para a função das proteínas que contêm o domínio PDZ. A inibição da CaMKII pelo KN-93 interrompe a sinalização do cálcio, um processo celular ubíquo, afectando potencialmente a função de proteínas como a PDZD9.
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