La activación de la PCDHB13 se ve facilitada por una serie de compuestos químicos que modulan diversas vías de señalización, lo que conduce a un aumento de su actividad funcional. Los compuestos que aumentan los niveles intracelulares de AMP cíclico (AMPc) lo hacen estimulando directamente la enzima adenilil ciclasa o inhibiendo la acción de las fosfodiesterasas, responsables de la descomposición del AMPc. Los elevados niveles de AMPc activan la proteína quinasa A y otras proteínas dependientes del AMPc, amplificando las cascadas de señalización que, en última instancia, potencian la actividad de la PCDHB13. Además, ciertos compuestos imitan la acción del AMPc activando directamente estas vías, evitando la necesidad de la síntesis de AMPc mediada por el receptor. Los agonistas de los receptores adrenérgicos también desempeñan un papel en esta regulación; al unirse a estos receptores, desencadenan la producción de AMPc, potenciando aún más las vías de señalización que conducen a la activación de la PCDHB13.
Además, la actividad de PCDHB13 puede ser modulada por compuestos que influyen en los niveles de calcio intracelular. Los ionóforos de calcio, por ejemplo, aumentan directamente la concentración citosólica de calcio, un segundo mensajero crítico que puede activar las vías de señalización dependientes del calcio vinculadas a la PCDHB13. Los agonistas de los canales de calcio de tipo L también contribuyen a este efecto facilitando la afluencia de calcio. De forma similar, la activación de ciertos canales de potencial receptor transitorio (TRP) por agonistas específicos conduce a la entrada de calcio en la célula, que posteriormente activa la PCDHB13.
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