細胞接着とシグナル伝達に関与するプロトカドヘリンファミリーのメンバーであるPCDHB12の阻害剤は、このタンパク質の機能を弱めるために様々な生化学的メカニズムを用いる。微小管形成を阻害するような細胞骨格ダイナミクスを乱す化合物は、細胞接着、移動、細胞接合部の安定化など、PCDHB12が役割を果たす細胞プロセスに直接影響を与える。細胞骨格を不安定にすることで、これらの阻害剤はPCDHB12の細胞局在と機能に影響を与え、細胞間相互作用を適切に媒介できなくなる。同様に、脂質代謝と膜組成の変化は、PCDHB12の接着能力に重要な脂質ラフト内での局在と機能を乱す可能性がある。
さらに、シグナル伝達経路に関与する特定のキナーゼやリン酸化酵素を標的とする低分子阻害剤は、PCDHB12の機能阻害につながる。例えば、EGFRシグナル伝達を阻害すると、PCDHB12を含む細胞接着分子の発現と機能に変化を引き起こし、細胞間情報伝達における役割を阻害する。細胞接着や遊走を含む広範な細胞機能を制御することで知られるPI3K/ACT経路やMAPK経路の阻害も、PCDHB12の活性低下をもたらす可能性がある。さらに、細胞表面分子のタンパク質分解切断の防止や、スモールGTPaseやJNK経路の構成要素などのシグナル伝達分子への干渉は、PCDHB12の接着機能やシグナル伝達機能の阻害にさらに寄与し、その活性を支配する経路の複雑な相互作用を強調している。
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