OR2J3の化学的阻害剤は、タンパク質の活性部位と直接相互作用することで機能する。この部位には通常、天然の匂い物質リガンドが結合し、嗅覚知覚のためのシグナル伝達を開始する。メチルオイゲノール、シンナムアルデヒド、チモール、1,8-シネオール、オイゲノール、シトラールはこれらの阻害剤のサブセットを代表し、それぞれがこの部位に競合的に結合することができる。そうすることで、OR2J3のコンフォメーションを変化させ、シグナル伝達に必要な典型的なコンフォメーション変化を妨げる。その結果、嗅覚につながる通常の下流シグナル伝達カスケードは停止する。これらの化学物質は、その構造により、OR2J3のリガンド結合ドメインに適合するという点で、天然のリガンドを効果的に模倣することができる。
この阻害作用をさらに例証しているのが、ゲラニオール、カルボン、リモネン、アネトール、イソオイゲノール、バニリンである。これらの化学物質はそれぞれ、OR2J3のリガンド結合ドメインに結合することができ、そうでなければ匂い分子によって満たされるはずの空間を占有する。これらの化学物質がこの結合ドメインに存在すると、OR2J3と天然のリガンドとの結合が阻害され、その結果、OR2J3がにおいシグナルを感知して反応する能力が阻害される。このリガンド結合部位の遮断により、レセプターは嗅覚シグナル伝達経路における正常な機能を果たすことができない不活性状態のままとなる。このように、これらの阻害剤の化学構造は、OR2J3の活性化を防ぎ、嗅覚受容体の匂いを感知し反応する機能を確実に阻害する能力において極めて重要である。
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