Forskolin, ein Diterpen, entfaltet seine Wirkung durch direkte Stimulierung der Adenylylcyclase, die die Umwandlung von ATP in cAMP katalysiert, einen sekundären Botenstoff, der die Proteinkinase A (PKA) aktiviert. Eine erhöhte PKA-Aktivität führt zu einer verstärkten Phosphorylierung von Zielproteinen, wodurch deren Funktion effektiv verändert wird. In ähnlicher Weise verhindert IBMX, ein Methylxanthinderivat, den Abbau von cAMP, indem es Phosphodiesterasen hemmt und so ein Umfeld aufrechterhält, das der PKA-vermittelten Phosphorylierung förderlich ist. Die Polyphenolverbindung Epigallocatechingallat und das Stilbenoid Resveratrol sind in der Lage, zahlreiche Signalwege zu modulieren und die Aktivität und den Aktivierungszustand verschiedener Proteine zu beeinflussen.
Ionomycin, ein Kalzium-Ionophor, und A23187, eine Carbonsäure, erhöhen beide den intrazellulären Kalziumspiegel, einen wichtigen Botenstoff, der eine Reihe von kalziumabhängigen Kinasen aktiviert, die dann Proteine phosphorylieren können. Phorbol 12-Myristat 13-Acetat, ein potenter Aktivator der Proteinkinase C (PKC), stimuliert direkt die PKC, die an einer Vielzahl von Zellfunktionen beteiligt ist, unter anderem an der Regulierung von Proteinaktivitäten durch Phosphorylierung. Phosphodiesterase-Hemmer wie Sildenafil sorgen für erhöhte cAMP- und cGMP-Spiegel und erleichtern so die Aktivierung von PKA oder PKG, Kinasen, die die Übertragung von Phosphatgruppen auf Proteine katalysieren. LY294002, ein Flavonoid-Derivat, hemmt die Phosphoinositid-3-Kinasen (PI3K) und beeinflusst damit die nachgeschalteten Signalkaskaden, was zu Veränderungen der Proteinaktivität führen kann. Das kleine Molekül U0126, das für seine hemmende Wirkung auf die Mitogen-aktivierte Proteinkinase-Kinase (MEK) bekannt ist, kann die Phosphorylierungsmuster in den Zellen verändern und damit die Proteinfunktion beeinflussen. Dibutyryl cAMP, ein synthetisches Analogon von cAMP, und Staurosporin, ein Alkaloid, das ein breites Spektrum von Kinasen hemmt, führen beide zu Phosphorylierungsänderungen, die Proteine aktivieren können.
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