NOP9核極タンパク質阻害剤は、NOP9が関与する必須の細胞内プロセス、特にリボソームの組み立てと生合成を標的とする様々な生化学的メカニズムによって作用する。阻害剤の中には、NOP9や他の核小体タンパク質の核内インポートに重要な、膜を横切るイオン勾配を破壊することで機能するものがある;それらの阻害は、NOP9の核小体への局在を減少させ、それによってその機能的活性を低下させる。また、リボソームの生合成に重要な経路であるmTORシグナル伝達を標的とする阻害剤もあり、NOP9活性に対する要求が低下する。さらに、ある種の阻害剤はDNAに直接結合してRNAの合成を阻害し、リボソーム集合におけるNOP9の役割に必要なリボソームRNA基質のプールを減少させる。これらの阻害剤は、NOP9が処理する必要のあるリボソーム構成成分の利用可能性を変化させることにより、間接的にNOP9の機能に影響を与える。
NOP9阻害剤が効果を発揮するさらなるメカニズムとして、mRNAとrRNAの合成をそれぞれ担うRNAポリメラーゼIIとIの阻害が挙げられる。これらのRNA分子の合成を減少させることで、リボ核タンパク質複合体の構築におけるNOP9の関与が間接的に減少する。阻害剤の中には、rRNAを修飾することでリボソームを特異的に不活性化し、リボソームのプロセシングとアセンブリーにおけるNOP9の主要な機能を阻害するものもある。他の阻害剤はタンパク質のグリコシル化を阻害するため、NOP9と相互作用するタンパク質の成熟を変化させ、核小体におけるNOP9の機能に影響を与える可能性がある。さらに、リボソームの生合成を制御する転写因子も阻害剤の標的となる可能性があり、リボソームRNAの産生速度が低下することでNOP9の活性が低下する。
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