ミオシンIIIa活性化剤は、さまざまな生化学的・細胞学的経路を通して間接的にMYO3Aに影響を与えることができる化合物である。例えば、PIP2はアクチン結合タンパク質の調節において重要であるため、アクチン細胞骨格との相互作用を変化させることによって、MYO3Aの活性に影響を与えることができる。同様に、カルモジュリンのようなカルシウム調節タンパク質はMYO3Aに結合し、モータータンパク質を活性化するような構造変化を引き起こすことができる。さらに、フォルスコリンのようなアデニル酸シクラーゼ活性化因子や8-Bromo-cAMPのようなcAMPアナログを介したcAMPのようなセカンドメッセンジャーシステムの調節は、PKAを活性化し、その結果、PKAがリン酸化され、MYO3A活性を調節する可能性がある。
オカダ酸のようなタンパク質リン酸化酵素の阻害剤を介した、あるいは塩化リチウムによるGSK-3の阻害を介したリン酸化状態の操作は、タンパク質のリン酸化のバランスを変えることがいかに間接的にMYO3A活性に影響を与えるかを示している。PMAやビシンドリルマレイミドIのような化合物は、ミオシン軽鎖のリン酸化におけるPKCの役割を強調しており、このプロセスはMYO3Aとアクチンとの相互作用に不可欠である。チロシンキナーゼ経路の関与は、MYO3Aの機能に間接的に関連するタンパク質のリン酸化状態を調節するゲニステインとオルソバナジン酸ナトリウムの使用で明らかになる。最後に、マンガンのような必須イオンは、MYO3Aのリン酸化と運動活性に影響を与えるシグナル伝達分子を産生する酵素の活性に必要である。
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