Os inibidores químicos do MSY4 funcionam através de vários mecanismos para impedir a sua atividade na célula. A oligomicina A perturba a síntese de ATP ao visar o complexo ATP sintase mitocondrial, levando a uma redução dos níveis celulares de ATP necessários para a atividade de ligação ao ARN e estabilidade do MSY4. Sem ATP suficiente, o MSY4 não consegue manter a sua conformação funcional, resultando em inibição. O H-89 actua através da inibição da proteína quinase A (PKA), uma quinase conhecida por fosforilar o MSY4. Quando a PKA é inibida, o MSY4 permanece não fosforilado, impedindo-o de atingir a conformação necessária para a sua função correcta. Da mesma forma, a Staurosporina, um inibidor da quinase de largo espetro, e a Roscovitina, que inibe as cinases dependentes da ciclina, actuam no sentido de impedir os eventos de fosforilação que são essenciais para a atividade do MSY4. A genisteína, como inibidor da tirosina quinase, e a estapurosporina também reduzem a fosforilação do MSY4, embora com menor especificidade, afectando a sua atividade e funções reguladoras.
A regulação adicional do MSY4 está ligada a outras vias de sinalização e mecanismos celulares. O ácido ocadaico inibe as proteínas fosfatases PP1 e PP2A, que são responsáveis pela desfosforilação das proteínas. Ao fazê-lo, pode levar a um estado de fosforilação anormal do MSY4, prejudicando a sua função normal. Tanto o LY294002 como a Wortmannin inibem as fosfoinositídeos 3-quinases (PI3K), que podem estar a montante do MSY4 na cascata de sinalização, reduzindo assim a sua ativação. O PD98059 e o U0126 visam especificamente as enzimas MEK na via MAPK/ERK, uma via de sinalização que pode modular a atividade do MSY4. Se o MSY4 for de facto regulado pela via MAPK/ERK, a sua atividade será diminuída em resultado destes inibidores. Por último, a rapamicina, um inibidor da via do alvo mamífero da rapamicina (mTOR), que desempenha um papel na síntese proteica e no crescimento celular, pode ter um efeito desregulador no MSY4 se este estiver envolvido nestes processos. O SP600125 acrescenta outra camada de regulação ao inibir a quinase c-Jun N-terminal (JNK), reduzindo assim potencialmente a atividade do MSY4 se este for regulado pelas vias de sinalização JNK. Cada um destes produtos químicos, através da inibição orientada de enzimas e vias específicas, pode levar a uma diminuição da atividade funcional do MSY4.
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