クロラムフェニコールとテトラサイクリンは、伝統的に細菌のリボソーム阻害と関連しているが、細菌のリボソームと構造的・機能的に相同性があるため、ミトコンドリアのリボソームに対しても同様の阻害作用を示すと推測されている。この相互作用は、MRP-L41を含むミトコンドリアのリボソームタンパク質の正常な機能を破壊する可能性があるため、非常に重要である。さらに、このクラスにはリネゾリドやエリスロマイシンのような抗生物質が含まれ、これらはミトコンドリアのリボソームを標的とすることにより、MRP-L41を含むオルガネラの機能に不可欠なミトコンドリアタンパク質の合成を損なう可能性がある。DNAと結合してRNAポリメラーゼを阻害するアクチノマイシンDのような化合物は、ミトコンドリア遺伝子の転写を抑制し、MRP-L41の産生に影響を与える可能性がある。同様に、翻訳中にポリペプチド鎖の早期終結を引き起こすことで知られるピューロマイシンと、リボソームの30Sサブユニットと相互作用するドキシサイクリン・サイクレートは、ミトコンドリアのタンパク質合成を阻害し、MRP-L41のレベルを低下させる可能性がある。
さらに、MRP-L41阻害剤には、逆転写酵素の阻害に関与する3′-アジド-3′-デオキシチミジンのようなヌクレオシド類似体が含まれる可能性があり、ミトコンドリアDNA複製に影響を及ぼし、MRP-L41の生合成に下流の影響を及ぼす可能性がある。RNAポリメラーゼに結合する能力を持つリファンピシンは、その影響をミトコンドリアのRNAポリメラーゼにまで拡大し、MRP-L41の発現を減少させる可能性がある。DNA鎖を架橋するミトマイシンCのようなアルキル化剤もまた、ミトコンドリアDNA複製の忠実性に重要な影響を及ぼし、その結果、MRP-L41のようなミトコンドリアにコードされたタンパク質の発現に影響を及ぼす可能性がある。
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