Meis3の化学的阻害剤は、タンパク質の機能的活性にとって重要な特定のシグナル伝達経路を破壊する能力に基づいて選択することができる。LY294002とWortmanninはどちらもPI3Kの阻害剤であり、細胞の生存と増殖に不可欠なPI3K/Akt経路の極めて重要な要素である。PI3Kを阻害することにより、これらの化学物質はAktの活性化を直接抑え、Meis3が制御に関与する下流の生存シグナルを減少させる。この結果、細胞の成長と発生過程におけるMeis3の役割が機能的に阻害されることになる。同様に、PD98059とU0126は、MAPK/ERK経路で作用するMEKの阻害剤である。これらの化学物質によるMEKの阻害は、細胞周期の進行に必要なステップであるERKを介した転写活性化の減少につながり、ひいてはこれらのプロセスにおけるMeis3の活性に影響を及ぼす。
これらに加えて、TGF-βI型受容体ALK5の阻害剤であるSB431542は、TGF-βシグナル伝達経路を破壊する。この経路は、Meis3が仲介する分化シグナルに関与しており、その阻害は、細胞分化に関連するMeis3活性の低下をもたらすと考えられる。ラパマイシンは、細胞増殖の重要な調節因子であるキナーゼであるmTORを標的としており、mTORを阻害することにより、細胞発生におけるMeis3の機能に必要な増殖シグナルを減少させる。JNKを阻害するSP600125は、Meis3が関連しうるストレス応答シグナルに影響を与え、その結果、環境ストレスに対するタンパク質の活性が低下する。ダサチニブは、Srcファミリーキナーゼを阻害することにより、アクチン細胞骨格を制御する経路を含む複数のシグナル伝達経路に影響を与え、その結果、細胞遊走や接着などのプロセスにおけるMeis3の活性に影響を与える。RAFキナーゼを標的とするソラフェニブとEGFRを阻害するエルロチニブは、それぞれ細胞分裂と分化のシグナルを減少させ、これらの経路におけるMeis3の活性を低下させる。最後に、DAPTはγセクレターゼを標的としてNotch受容体の切断を阻害し、それによってNotchシグナル伝達経路を阻害する。Meis3はNotchシグナルによって制御される細胞分化過程に関与していることから、DAPTの使用はこれらの分化過程に関連するMeis3活性の減少につながると考えられる。
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