スタウロスポリンは、プロテインキナーゼの幅広い阻害剤として登場し、無数の細胞内シグナル伝達経路を破壊する能力を持ち、それによってこれらのキナーゼによる制御を受ける様々なタンパク質の活性を調節する。LY29400の役割は、細胞内のリン酸化経路を変化させることで、その経路に間接的に関連する多くのタンパク質に影響を与えるという極めて重要なものである。同様に、PI3K/Akt経路に対する阻害作用で知られるLY294002は、細胞の生存と増殖シグナルに影響を与え、それによってこのシグナル伝達カスケード内の下流タンパク質の活性に影響を与える。MEKの選択的アンタゴニストであるU0126とPD98059は、細胞増殖と分化のシグナル伝達に不可欠なMAPK/ERK経路に影響を与える。MEKを阻害することにより、これらの化合物はMAPK/ERKシグナル伝達軸の一部であるタンパク質の活性を調節することができる。mTOR阻害剤であるラパマイシンは、mTORシグナル伝達経路に影響を及ぼし、細胞増殖とタンパク質合成に影響を与え、この経路によって制御されているタンパク質の機能を変化させる可能性がある。
SB203580とSP600125は、それぞれp38 MAPキナーゼとJNKの阻害剤であり、炎症反応とアポトーシスの調節に寄与する。これらのキナーゼを阻害することで、炎症やストレスに誘導されるシグナル伝達経路によって調節されるタンパク質の活性に影響を与えることができる。Wortmanninは、LY294002と同様、PI3K/Akt経路を標的とし、カフェ酸フェネチルエステルと2-メトキシエストラジオール(2-ME2)は、それぞれ転写活性と微小管ダイナミクスに影響を与え、それぞれが様々なタンパク質の活性に影響を与える形で細胞環境を変化させる。汎カスパーゼ阻害剤Z-VAD-FMKはアポトーシスを阻止し、それによってアポトーシスシグナル伝達に関与するタンパク質に影響を与える。ヘッジホッグシグナル伝達経路を阻害するシクロパミンの役割は、細胞の成長と分化過程に不可欠なこの経路によって制御されているタンパク質に影響を与える可能性を例証している。
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