LY294002 e U0126, que têm como alvo as vias PI3K/Akt e MAPK/ERK, respetivamente, essenciais para regular o crescimento e a sobrevivência das células. Ao inibir a PI3K, o LY294002 interrompe a sinalização subsequente da Akt, alterando a regulação das proteínas a jusante desta via. Do mesmo modo, o U0126 impede as cinases MEK1/2, interrompendo assim a sinalização MAPK/ERK e afectando as proteínas ligadas a esta via. A rapamicina liga-se ao complexo mTOR, um interveniente central no controlo do crescimento celular, podendo assim influenciar as proteínas que fazem parte da rede de sinalização mTOR. A PP2, ao inibir as cinases da família Src, modula a adesão celular e a angiogénese, influenciando assim as proteínas que estão envolvidas nestas vias.
Nutlin-3, ao perturbar a interação MDM2-p53, afecta a multiplicidade de proteínas que são reguladas pela via p53, conhecida pelo seu papel nas respostas celulares ao stress. O SP600125 interrompe a atividade da JNK, alterando potencialmente a função de proteínas que estão associadas às respostas ao stress. O SB431542 inibe o recetor do TGF-β, modificando a via de sinalização do TGF-β e influenciando o papel das proteínas envolvidas nesta via. O ZM-447439 perturba a divisão celular ao inibir as cinases Aurora, afectando proteínas que são cruciais para a progressão mitótica. Além disso, a Leflunomida dificulta a biossíntese da pirimidina ao inibir a dihidroorotato desidrogenase, o que pode afetar a síntese e a função de proteínas dependentes de nucleótidos. O imatinib, um inibidor da tirosina quinase, ajusta a sinalização da proliferação celular, afectando as proteínas associadas. O olaparib, um inibidor da PARP, afecta as proteínas envolvidas na resposta aos danos no ADN. O bortezomib, ao inibir o proteasoma, afecta a degradação de proteínas que são cruciais no controlo do ciclo celular e na transdução de sinais, influenciando assim potencialmente a estabilidade e a função das proteínas nestas vias.
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