Gli inibitori di LOC399939 comprendono una serie di composti che hanno come bersaglio varie vie di segnalazione e processi cellulari. Il razionale per la selezione di questi inibitori deriva dall'ipotesi che LOC399939 sia una proteina che potrebbe essere influenzata da queste vie. Per esempio, gli inibitori delle chinasi come la staurosporina possono ostacolare lo stato di fosforilazione di LOC399939 se è una chinasi o è regolata dalla fosforilazione.
Analogamente, gli inibitori di PI3K e mTOR, come LY294002 e rapamicina, rispettivamente, possono limitare l'attività di LOC399939 se è un effettore a valle di queste cascate di segnalazione. L'inibizione di queste vie impedirebbe l'attivazione di LOC399939, portando a una diminuzione della sua attività funzionale. Inoltre, composti come U0126 e PD98059 forniscono approcci alternativi per smorzare la via ERK, che potrebbe essere fondamentale se LOC399939 è regolato da questa via.
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