Los inhibidores de LIN-54 son pequeñas moléculas diseñadas para actuar sobre la proteína LIN-54, un componente del complejo multiproteico conocido como complejo MuvB. La LIN-54 es una proteína crítica de unión al ADN que regula la expresión génica mediante la interacción con los factores de transcripción E2F, implicados en el control de la progresión del ciclo celular. Los inhibidores de LIN-54 funcionan interrumpiendo estas interacciones o alterando la estructura de la propia LIN-54, impidiendo así que se una correctamente a la cromatina y regule la transcripción. LIN-54 contiene un motivo de unión al ADN conocido como dominio hélice-giro-hélice, que desempeña un papel esencial en la capacidad de la proteína para reconocer secuencias específicas de ADN en los promotores génicos. El objetivo de los inhibidores suele ser bloquear la actividad de este dominio, impidiendo así que LIN-54 contribuya al ensamblaje de los complejos represores o activadores que controlan la expresión génica durante las distintas fases del ciclo celular. Al inhibir LIN-54, estos compuestos pueden alterar la capacidad del complejo MuvB para coordinar la transcripción de genes esenciales para la replicación del ADN y la mitosis. Los inhibidores de LIN-54 interfieren en el ensamblaje del complejo DREAM (DP, RB-like, E2F y MuvB), una importante estructura reguladora en células quiescentes y proliferantes. Esta alteración puede conducir a una regulación alterada de una variedad de genes implicados en las transiciones G1/S y G2/M. En consecuencia, los inhibidores de LIN-54 pueden afectar profundamente a la regulación de los procesos celulares relacionados con el crecimiento y la proliferación. Las propiedades bioquímicas de estos inhibidores, incluyendo su afinidad por LIN-54, su especificidad por el dominio hélice-giro-hélice y su potencial para modular los complejos proteicos mayores en los que opera LIN-54, son críticas para entender sus mecanismos funcionales en las vías celulares.
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