KIAA0649-Inhibitoren, wie sie in diesem Zusammenhang dargestellt werden, zielen hauptsächlich auf die RNA-Synthese, die RNA-Verarbeitung und den RNA-Stoffwechsel ab und beeinträchtigen indirekt die Funktionen von RNA-bindenden Proteinen, wie sie mit KIAA0649 verbunden sind. So sind beispielsweise Verbindungen wie Actinomycin D und α-Amanitin bekannte Inhibitoren der RNA-Synthese. Actinomycin D bindet DNA und behindert die RNA-Synthese, während α-Amanitin speziell die RNA-Polymerase II hemmt.
Darüber hinaus konzentrieren sich einige Inhibitoren auf bestimmte Phasen der RNA-Verarbeitung. Pladienolid B und Spliceostatin A sind Verbindungen, die auf den SF3b-Komplex abzielen, der eine entscheidende Rolle beim prä-mRNA-Spleißen spielt. Indem sie die Spleißdynamik verändern, können diese Verbindungen indirekt die Funktionalität und die Interaktionen von RNA-bindenden Proteinen beeinflussen. Darüber hinaus integrieren sich Verbindungen wie Ribavirin, ein Guanosin-Analogon, und Cordycepin, ein Adenosin-Analogon, in RNA-Strukturen und beeinflussen so den RNA-Stoffwechsel und die RNA-Verarbeitung, was wiederum die Aktivität von RNA-bindenden Proteinen beeinflusst.
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