IQCEの化学的阻害剤は、様々な細胞経路を介して作用し、その機能を阻害することができる。オワバインはNa+/K+-ATPaseを標的としており、この酵素は細胞膜を横切る必要なイオン勾配を維持する役割を担っている。このイオン勾配がウアバインによって破壊されると、IQCEのようなイオンバランスに依存して活性を発揮するタンパク質の阻害を含む、影響の連鎖を引き起こす可能性がある。同様に、Gö6976は、リン酸化によって様々なタンパク質を修飾するキナーゼであるプロテインキナーゼC(PKC)を阻害することによって作用する。リン酸化はタンパク質の活性を変化させる一般的な翻訳後修飾であるため、Gö6976がPKCを阻害することで、IQCEの機能に必要なタンパク質のリン酸化を防ぐことができる。
さらに、LY294002は、AKTシグナル伝達経路に関与する酵素の一種であるホスホイノシチド3キナーゼ(PI3K)を阻害する。PI3Kを阻害することにより、LY294002はIQCEの役割に必須であると考えられる下流のシグナル伝達を抑制することができる。PD98059とSB203580は、MAPキナーゼ経路の異なる部分を標的とする。PD98059はMAPK/ERK経路の一部であるMEK酵素を阻害し、IQCEの活性化を低下させる可能性がある。SB203580は、細胞ストレス応答に関与するp38 MAPキナーゼを特異的に阻害し、その阻害はIQCEを含むこの経路で制御されるタンパク質に影響を及ぼす可能性がある。Y-27632は、Rho-associated, coiled-coil containing protein kinase(ROCK)を阻害する。ROCKは細胞の運動性を変化させる可能性があり、IQCEが細胞運動に関与する経路と関連している場合には、IQCEの機能に影響を及ぼす可能性がある。カルシウムキレート剤であるBAPTA-AMは、細胞内カルシウムを封鎖し、IQCEがその機能に依存していると考えられるカルシウム依存性シグナル伝達経路を阻害することができる。ML-7は細胞収縮力に影響を及ぼすミオシン軽鎖キナーゼ(MLCK)を阻害し、U73122はジアシルグリセロールやイノシトール三リン酸のような二次メッセンジャーを生成するのに重要な酵素であるホスホリパーゼC(PLC)を阻害する。SP600125のc-Jun N末端キナーゼ(JNK)阻害作用は、ストレスやアポトーシスのシグナル伝達経路に影響を及ぼす可能性があり、一方、KN-93のカルシウム/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII(CaMKII)阻害作用は、IQCEに関与する可能性のある多数の細胞プロセスを混乱させる可能性がある。最後に、チロシンキナーゼ阻害剤としてのゲニステインは、IQCEの機能が依存するシグナル伝達経路にとって重要なタンパク質のチロシンリン酸化を防ぐことができる。
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