GGT6の化学的阻害剤は、様々な生化学的経路やメカニズムを通じて阻害作用を発揮する。例えば、オワバインはNa+/K+ ATPaseポンプを破壊し、細胞のイオン組成の不均衡を引き起こす。この不均衡はGGT6の活性を阻害する可能性があり、おそらく酵素の機能にとって重要な基質や生成物の濃度が変化するためであろう。同様に、アシビシンはγ-グルタミルトランスフェラーゼ酵素の活性部位に結合し、酵素の機能を直接阻害し、それによってGGT6がγ-グルタミル基を転移するのを妨げる。L-アザセリンやアザセリンのような他の阻害剤は、GGT6が関与する酵素反応の基質であるグルタミンに対するアンタゴニストとして作用する。グルタミンと競合することにより、これらの阻害剤はGGT6活性に必要な基質の利用可能性を低下させ、阻害につながる。グルタミン類似体であるDONもまたGGT6と結合することができ、その結果、この擬態物質の存在によって酵素が不活性化される可能性がある。
さらに、メトトレキサートは主にジヒドロ葉酸還元酵素を標的とするが、ヌクレオチドプールの不均衡を引き起こすことによって間接的にGGT6に影響を与える可能性があり、その結果、細胞環境やGGT6活性に不可欠な補因子の利用可能性が変化する可能性がある。ブチオニン・スルホキシミン(BSO)は、γ-グルタミルシステイン合成酵素を標的とし、GGT6の基質であるグルタチオン合成を阻害するため、基質が利用できないことによるGGT6の機能阻害につながる。エタクリン酸は、グルタチオンS-トランスフェラーゼを阻害する一方で、グルタチオンのレベルを低下させ、間接的にGGT6の活性に影響を及ぼす可能性がある。ビガバトリンはGABAレベルを増加させ、ガンマ-グルタミルサイクルと基質の利用可能性を変化させることにより、GGT6に影響を与える可能性がある。シスプラチンは、細胞ストレスを増加させることにより、グルタチオン代謝に変化をもたらし、それによってGGT6の活性に影響を及ぼす可能性がある。レボドパは神経伝達物質の前駆体として、アミノ酸代謝を変化させ、その結果グルタミン酸レベルを変化させる可能性があり、ガンマ-グルタミルサイクリングにおけるGGT6の役割に影響を与える可能性がある。最後に、クロロキンはエンドソームのpHを変化させることにより、細胞のコンパートメント化に影響を与え、基質へのアクセスや細胞内での適切な局在を阻害することにより、GGT6を阻害する可能性がある。
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