Os inibidores químicos da GGT6 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de várias vias e mecanismos bioquímicos. A ouabaína, por exemplo, perturba a bomba Na+/K+ ATPase, levando a um desequilíbrio na composição iónica celular. Este desequilíbrio pode interferir com a atividade da GGT6, possivelmente devido a concentrações alteradas de substrato ou produto que são cruciais para a função da enzima. Do mesmo modo, a Acivicina liga-se ao local ativo das enzimas gama-glutamiltransferase, bloqueando diretamente a função da enzima e impedindo assim a GGT6 de transferir grupos gama-glutamilo. Outros inibidores, como a L-azaserina e a Azaserina, actuam como antagonistas da glutamina, que é um substrato nas reacções enzimáticas que envolvem a GGT6. Ao competir com a glutamina, estes inibidores reduzem a disponibilidade dos substratos necessários para a atividade da GGT6, levando à inibição. O DON, sendo um análogo da glutamina, pode também ligar-se à GGT6, o que pode resultar na inatividade da enzima devido à presença deste mímico.
Além disso, o metotrexato, embora tenha como alvo principal a dihidrofolato redutase, pode afetar indiretamente a GGT6 ao causar um desequilíbrio nos pools de nucleótidos, o que, por sua vez, pode alterar o ambiente celular e a disponibilidade de co-factores essenciais para a atividade da GGT6. A buthionina sulfoximina (BSO) tem como alvo a gama-glutamilcisteína sintetase, impedindo a síntese de glutatião, um substrato para a GGT6, levando assim à inibição funcional da GGT6 devido à indisponibilidade de substrato. O ácido etacrínico, ao inibir a glutationa S-transferase, pode também reduzir os níveis de glutationa, afectando indiretamente a atividade da GGT6. A vigabatrina eleva os níveis de GABA, o que pode influenciar a GGT6 ao alterar o ciclo gama-glutamil e a disponibilidade de substratos. A cisplatina, ao aumentar o stress celular, pode levar a uma alteração do metabolismo do glutatião, afectando assim a atividade da GGT6. A levodopa, enquanto precursor dos neurotransmissores, pode alterar o metabolismo dos aminoácidos e, consequentemente, os níveis de glutamato, o que pode afetar o papel da GGT6 no ciclo gama-glutamílico. Por último, a cloroquina, ao alterar o pH endossómico, pode afetar a compartimentação celular, inibindo potencialmente a GGT6 ao perturbar o seu acesso aos substratos ou a sua localização adequada no interior da célula.
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