GDPD4阻害剤には、細胞代謝の様々な側面に介入することにより、GDPD4の活性を間接的に調節することができる様々な化合物が含まれる。これらの化合物はGDPD4を直接標的とするのではなく、GDPD4が作用する脂質環境を変化させたり、GDPD4の機能に影響を与えうるシグナル伝達経路を修正したりすることによって、その影響力を発揮する。例えば、MiltefosineとPerhexilineは脂質組成を変化させ、GDPD4の膜会合と基質へのアクセス性に影響を与え、それによってGDPD4の酵素活性に影響を与える可能性がある。
リスト中の他の化合物、例えばマヌマイシンAやゲニステインは、それぞれタンパク質のプレニル化とチロシンキナーゼ活性に影響を与える。これらのプロセスは、GDPD4を含む脂質代謝に関与する多くのタンパク質の適切な局在と機能に不可欠である。さらに、D609やU73122のような阻害剤は、GDPD4の基質生成に直接関与する特定のホスホリパーゼを標的としており、これらの阻害剤がGDPD4が利用できる基質プールを変化させる可能性があることを示唆している。EtomoxirやTriacsin Cなどの化合物は、GDPD4が属する脂質シグナル伝達経路と複雑に関連する脂肪酸代謝を修飾する。最後に、GW4869とイミプラミンはスフィンゴ脂質代謝に影響を及ぼし、脂質代謝経路の相互関連性によりGDPD4の活性に下流で影響を及ぼす可能性がある。
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