GAL3ST1阻害剤は、硫酸化プロセスまたは基質の利用可能性に介入することにより、GAL3ST1の酵素活性を間接的に阻害する化学物質の一群を包含する。GAL3ST1は、普遍的硫酸基供与体である3'-ホスホアデノシン-5'-ホスホ硫酸(PAPS)からガラクトシルセラミド中のガラクトースの3位に硫酸基を転移し、中枢神経系のミエリンの重要な成分であるセレブロシド硫酸を生成する。硫酸化プロセスは様々な生体分子の機能に重要であり、その阻害は細胞機能の変化につながる。
塩素酸塩と過塩素酸塩は、硫酸塩のトランスポーターと競合することによって硫酸塩の取り込みを妨害することが知られており、GAL3ST1の硫酸転移酵素活性に必要な硫酸イオンの利用可能性を低下させる。同様に、硫酸の類似体であるモリブデン酸は硫酸イオンと競合し、硫酸化反応の有効性を低下させる可能性がある。タングステン酸ナトリウムは、PAPS形成の前段階である硫酸塩から亜硫酸塩への還元に関与するモリブデンを含む酵素を阻害するため、間接的にGAL3ST1に影響を及ぼす。ペンタクロロフェノールやトリクロサンなど、硫酸転移酵素活性に影響を与えることが知られている化合物も、間接的な阻害剤となりうる。ペンタクロロフェノールはPAPSレベルを低下させることにより作用し、トリクロサンは硫酸転移酵素と相互作用し、その活性を変化させる可能性が示唆されている。ケルセチンのようなフラボノイドは硫酸転移酵素を阻害することが示されており、これはGAL3ST1にも及ぶ可能性がある。ビスフェノールAやフタル酸ジブチルのようなフタル酸エステルなどの内分泌攪乱物質は、硫酸転移酵素活性を阻害することが報告されており、その結果、GAL3ST1に影響を及ぼす可能性がある。
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