FLJ46688の化学的活性化剤は、タンパク質の機能的活性化につながる様々な細胞内シグナル伝達経路を開始することができる。フォルスコリンはアデニリルシクラーゼを直接刺激し、細胞内のcAMPレベルを上昇させる。このcAMPの上昇は、続いてプロテインキナーゼA(PKA)を活性化し、このPKAがFLJ46688をリン酸化して活性化する。同様に、βアドレナリン作動薬であるイソプロテレノールもcAMP濃度を上昇させ、PKA活性とそれに続くFLJ46688の活性化を促進する。もう一つの経路は、細胞内カルシウム濃度の調節である。イオノマイシンはカルシウムイオノフォアとして作用し、細胞内のカルシウム濃度を上昇させる。上昇したカルシウムは、FLJ46688をリン酸化して活性化することができる様々なカルシウム依存性キナーゼを活性化することができる。同じ作用機序は、もう一つのカルシウムイオノフォアであるA23187にも帰することができる。
一方、フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)はプロテインキナーゼC(PKC)を活性化することで知られており、FLJ46688を直接リン酸化する可能性がある。カリクリンAやオカダ酸は、PP1やPP2Aのようなタンパク質リン酸化酵素を阻害し、FLJ46688を含むタンパク質の脱リン酸化率を低下させる。この阻害は、FLJ46688のリン酸化と活性化を正味増加させる。TapsigarginとTunicamycinは小胞体ストレスを誘導し、FLJ46688をリン酸化するストレス活性化キナーゼを活性化すると考えられる。アニソマイシンはストレス活性化プロテインキナーゼ(SAPK)を活性化し、これもFLJ46688のリン酸化と活性化の標的となる可能性がある。最後に、PKC阻害剤であるBisindolylmaleimide Iは、代償的な細胞メカニズムにより逆説的に代替キナーゼを活性化する可能性があり、H-89は主にPKA阻害剤であるが、同様にFLJ46688の活性化につながる代償的な経路を活性化する可能性があり、シグナル伝達ネットワーク内の複雑なバランスと、タンパク質の機能制御における異なるシグナル伝達カスケード間のクロストークの可能性を示している。
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