FLJ37512の阻害剤は、シナプスにおけるタンパク質の機能に重要な役割を果たす様々な細胞内プロセスやシグナル伝達経路を標的とすることで効果を発揮する。これらの化合物は、神経系におけるFLJ37512の役割に関連する細胞内シグナル伝達とタンパク質輸送の重要な側面を破壊する。例えば、ある種の阻害剤はペルオキシソーム増殖剤活性化受容体を標的とし、脂質代謝と炎症を変化させ、その結果シナプス機能を阻害し、間接的にFLJ37512を阻害する。また、神経発達やシナプス可塑性に関与するキナーゼであるグリコーゲン合成酵素キナーゼ-3の活性を阻害し、FLJ37512のリン酸化状態や機能を変化させる可能性のある化合物もある。さらに、いくつかの化合物はグルコースやマンノース残基に結合し、糖タンパク質のフォールディングや輸送に影響を与えるため、FLJ37512がシナプスに到達するのを妨げたり、シナプスでの機能を阻害したりする可能性がある。
さらに、FLJ37512阻害のメカニズムには、神経伝達物質放出とシナプス可塑性を調節するプロテインキナーゼCへの干渉も関与している。FLJ37512を含むシナプスタンパク質のリン酸化が変化すると、シナプスでの機能的役割が阻害される可能性がある。ゴルジ装置での小胞形成やN-結合型グリコシル化を阻害する薬剤は、FLJ37512の局在を誤らせたり、必須な翻訳後修飾を阻害することによってその活性を損なう可能性がある。カルシウム-カルモジュリンシグナル伝達阻害剤と微小管重合破壊剤は、FLJ37512の制御とシナプス部位への輸送に影響を与えることにより、FLJ37512の機能的活性をさらに阻害する。
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