ETO-2阻害剤は、主にエピジェネティックな調節と転写調節を介して、間接的にETO-2(CBFA2T3)の機能に影響を与える多様な化学物質群を包含する。ETO-2は造血発生において極めて重要な役割を果たしており、転写共抑制因子として機能している。このタンパク質は酵素活性を持たないため、直接的な阻害は困難である。その代わりに、ETO-2が働く転写様式を調節する薬剤が注目されている。レナリドミド、ポマリドミド、デシタビン、アザシチジン、各種HDAC阻害剤(ボリノスタット、パノビノスタット、ロミデプシン、エンチノスタット、ジビノスタット)など、これらの阻害剤の大部分は、エピジェネティックマークやヒストンなどのタンパク質のアセチル化状態を変化させることによって機能する。これらの変化は、ETO-2の転写抑制活性に大きな影響を与える可能性がある。例えば、HDAC阻害剤はヒストン脱アセチル化酵素を標的としており、ヒストンタンパク質からアセチル基を除去する酵素である。クロマチンランドスケープを調節することによって、これらの阻害剤は造血分化と増殖に関連する遺伝子発現におけるETO-2の調節的役割に間接的に影響を与えることができる。
さらに、BETブロモドメイン阻害剤として分類されるJQ1、I-BET151、OTX015のような化合物は、ETO-2活性に影響を与える別のメカニズムを提供する。これらの阻害剤は、BETタンパク質とアセチル化ヒストンとの相互作用を破壊し、それによってETO-2の制御下にある遺伝子の発現を変化させる。BET阻害剤は、転写調節異常が重要な役割を果たしている血液学的悪性腫瘍に特に関連している。ブロモドメインを含むタンパク質の正常な機能を阻害することにより、これらの阻害剤はETO-2が関与する転写ネットワークを調節し、そのコ・リプレッサー機能に影響を与える可能性がある。
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