ESCO1の化学的阻害剤は、様々な分子メカニズムを通じて、その酵素活性に影響を与える。強力なヒストン脱アセチル化酵素阻害剤であるトリコスタチンAは、細胞内のアセチル化レベルを上昇させる。このようにアセチル化基質が増加すると、ESCO1にとって競争的な環境となり、ESCO1の作用に必要なアセチル基へのアクセスが困難になったり、タンパク質の相互作用が変化してESCO1の働きが阻害されたりする可能性がある。同様に、C646はp300/CBPヒストンアセチルトランスフェラーゼを標的としており、ESCO1を直接阻害するわけではないが、細胞内のアセチル化バランスを崩し、ESCO1と相互作用したりESCO1を制御したりするタンパク質のアセチル化状態を変化させることで、ESCO1の活性に不注意に影響を与える可能性がある。もう一つのヒストンアセチルトランスフェラーゼ阻害剤であるアナカルド酸は、アセチルトランスフェラーゼファミリーの環境を悪化させ、ESCO1のアセチルトランスフェラーゼ活性を低下させる可能性がある。ヒストンアセチルトランスフェラーゼを阻害することで知られるガルシニアとクルクミンは、ESCO1のアセチルトランスフェラーゼ活性を直接阻害するか、ESCO1の作用に不可欠な細胞内のアセチルCoAプールに影響を与えることによって、ESCO1の機能的活性を阻害する可能性がある。
さらに、MB-3はヒストンアセチルトランスフェラーゼ阻害作用を通して、細胞内のアセチル化の様相を変化させ、アセチルCoAのプールを変化させたり、ESCO1の適切な機能に不可欠なアセチル化パターンを変化させたりする可能性がある。サーチノールは主にサーチュイン脱アセチル化酵素阻害剤であるが、ESCO1がその活性に依存する制御的アセチル化ダイナミクスを変化させることによって、ESCO1に間接的な影響を与える可能性がある。ヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤であるBIX-01294とEPZ004777は、それぞれクロマチン構造とメチル化状態を変化させることができ、基質のアクセス性や修飾状態を変化させることでESCO1の活性に影響を与える可能性がある。RG108は、DNAメチル化酵素を阻害することによって、ESCO1のようなクロマチン関連タンパク質の結合と活性に影響を与え、それによって間接的にESCO1の酵素的役割に影響を与える可能性がある。最後に、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤であるモセチノスタットとSAHAは、いずれもアセチル基の競合を増加させる可能性があり、細胞内でのアセチル-CoAの動態やアセチル化パターンが変化することにより、間接的にESCO1の正常な機能を阻害する可能性がある。これらの阻害剤はそれぞれ、アセチル化平衡やクロマチンランドスケープを変化させることで、タンパク質自体を直接標的とすることなく、ESCO1の活性を調節することができる。
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