Os inibidores químicos da EPHEXIN podem perturbar eficazmente a sua função, visando várias vias de sinalização e processos moleculares que são essenciais para a sua atividade. A esturosporina é um inibidor da proteína cinase de largo espetro, que pode impedir as cascatas de sinalização orientadas pela cinase de que a EPHEXINA depende para o seu papel na dinâmica do citoesqueleto. A bisindolilmaleimida I tem como alvo específico a proteína quinase C (PKC), um modulador chave nas vias de que a EPHEXIN faz parte, levando à inibição das funções reguladoras da EPHEXIN no citoesqueleto de actina. O LY294002, um potente inibidor da fosfoinositídeo 3-quinase (PI3K), perturba o eixo de sinalização PI3K, resultando na inibição dos sinais subsequentes que regem os processos celulares mediados pela EPHEXINA. Do mesmo modo, a Wortmannin, outro inibidor da PI3K, compromete a ativação das vias intracelulares em que a EPHEXIN está envolvida, obstruindo assim a sua contribuição funcional para as alterações do citoesqueleto.
Além disso, o PD168393, um inibidor irreversível da tirosina quinase do recetor do fator de crescimento epidérmico (EGFR), impede os eventos de sinalização ascendentes que poderiam ativar a EPHEXIN, reduzindo assim a sua influência na dinâmica celular. O SP600125, ao inibir seletivamente a c-Jun N-terminal quinase (JNK), interrompe a rede de sinalização que poderia afetar a função da EPHEXIN em cascata. O SB203580 e o U0126, que inibem seletivamente a p38 MAP quinase e a MEK1/2, respetivamente, interrompem a via da proteína quinase activada pelo mitogénio (MAPK), um regulador crucial da reorganização do citoesqueleto onde a EPHEXIN funciona. O Y-27632, que visa especificamente a proteína cinase associada à Rho (ROCK), e o ML7, um inibidor da cinase da cadeia leve da miosina (MLCK), comprometem a integridade da estrutura do citoesqueleto e a sinalização que a EPHEXIN ajuda a regular. O PP2, ao inibir as tirosina-quinases da família Src, suprime os eventos de fosforilação que poderiam ativar a EPHEXINA. Por último, a tapsigargina, ao perturbar a homeostase do cálcio através da inibição da Ca2+-ATPase do retículo sarco/endoplasmático (SERCA), pode levar à desregulação das vias de sinalização do cálcio, que também se sabe influenciarem a atividade da EPHEXINA, garantindo assim uma inibição abrangente do papel da EPHEXINA na célula.
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