Os inibidores da DPEP2 funcionam principalmente através da inibição dos principais processos e vias em que a DPEP2 está envolvida. O ácido valpróico, um inibidor das histonas desacetilases (HDAC), pode potencialmente levar ao sequestro da DPEP2 no núcleo, diminuindo assim a sua atividade funcional no citoplasma. Por outro lado, a Acivicina, um inibidor da glutamina amidotransferase, pode diminuir a disponibilidade de glutamina, um aminoácido crítico para a atividade da DPEP2. Do mesmo modo, o metotrexato, um inibidor da diidrofolato redutase (DHFR), afecta indiretamente a função da DPEP2 ao inibir a síntese de nucleótidos, que é crucial para o papel da DPEP2 no metabolismo dos péptidos.
Outros inibidores, como a sulfassalazina, a isoniazida, o cloranfenicol e a estreptomicina, influenciam a DPEP2 indiretamente, alterando a resposta imunitária às infecções bacterianas. Ao suprimir a resposta imunitária ou ao interferir com a síntese de proteínas bacterianas, estes inibidores podem afetar a atividade funcional da DPEP2. Entretanto, a 3-Metiladenina, a Bafilomicina A1, a Cloroquina, a Lys05 e a Spautin-1 inibem a autofagia, um processo celular em que a DPEP2 pode estar envolvida. Estes inibidores bloqueiam a autofagia em diferentes fases, diminuindo assim potencialmente a atividade funcional da DPEP2.
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