DNALI1の化学的阻害剤は、様々な生化学的経路を通じてその機能を阻害することができる。例えば、オーリントリカルボン酸は、非特異的にヌクレアーゼを阻害する能力を持つため、毛様体拍動頻度に必要なDNALI1のATPアーゼ活性に不可欠なATP供給を枯渇させる可能性がある。同様に、2,3-ブタンジオンモノオキシムは、ミオシンATPアーゼ活性の阻害剤として、DNALI1の運動機能に不可欠なATPの加水分解を妨げる可能性がある。これは、DNALI1が重要な役割を果たしている毛様体運動を妨げることになる。プロテインキナーゼ活性を阻害するエモジンは、DNALI1が適切に機能するために必要なリン酸化事象を妨害し、それによって活性を低下させる可能性がある。オルトバナジン酸ナトリウムは、リン酸化酵素を阻害することにより、DNALI1を制御するタンパク質の脱リン酸化を阻害し、その活性を阻害する可能性がある。オリゴマイシンAは、ミトコンドリアのATP合成酵素を標的とし、ATPレベルの低下をもたらし、その結果、DNALI1のATP依存性運動機能に影響を及ぼす。
さらに、ミオシンII ATPaseを阻害するブレビスタチンは、毛様体運動におけるDNALI1の役割に重要であると思われるアクチン-ミオシン相互作用を破壊する可能性がある。ブレフェルジンAは細胞内のタンパク質輸送を阻害するので、DNALI1の機能に不可欠なタンパク質の輸送を損なう可能性がある。ML-7によるミオシン軽鎖キナーゼ(MLCK)の阻害は、DNALI1のリン酸化状態に影響を与え、タンパク質の機能阻害につながる可能性がある。ロスコビチンはサイクリン依存性キナーゼ阻害剤として、繊毛におけるDNALI1の活性に不可欠な基質のリン酸化に関与するキナーゼを阻害することができる。タプシガルギンは、小胞体/小胞体Ca2+ ATPase (SERCA)を阻害することにより、カルシウムのホメオスタシスを変化させ、DNALI1活性を制御するカルシウム依存性の制御機構を損なう可能性がある。ウィザフェリンAは細胞骨格要素を破壊するので、DNALI1の機能に必要な軸索構造を阻害する可能性がある。最後に、Chelerythrineは、プロテインキナーゼC(PKC)を阻害することにより、軸索膜タンパク質のリン酸化を阻害し、DNALI1の活性を損なうと考えられる。これらの多様なメカニズムを通して、それぞれの化学物質はDNALI1の分子機能の重要な側面を阻害することにより、DNALI1を機能的に阻害することができる。
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