Los inhibidores químicos del CYP2J11 actúan a través de diversos mecanismos para impedir la función del enzima. La terfenadina y el miconazol ejercen sus efectos dirigiéndose a los canales de potasio y al hierro hemo de la enzima, respectivamente. Se sabe que la terfenadina bloquea los canales de potasio hERG, que están modulados por los productos del CYP2J11, lo que provoca una reducción de la actividad de la enzima. El miconazol, por su parte, se une directamente al sitio activo del CYP2J11, el grupo hemo, frustrando el proceso normal de metabolización. El ketoconazol emplea un enfoque similar al coordinarse con el grupo hemo dentro de CYP2J11, interrumpiendo la actividad de la enzima. El montelukast actúa indirectamente; reduce los niveles de leucotrienos, disminuyendo así la disponibilidad de sustrato para el CYP2J11 y, en consecuencia, la actividad de la enzima.
Otros inhibidores, como el danazol, el clotrimazol y la ticlopidina, interfieren con el CYP2J11 por diversos medios. El danazol compite con los sustratos naturales por el sitio de unión en CYP2J11, reduciendo la capacidad de la enzima para metabolizar sus sustratos reales. El clotrimazol impide la función de la enzima al unirse a su hierro hemo, que es esencial para la actividad metabólica. La ticlopidina tiene un mecanismo único en el que forma un metabolito reactivo que se une irreversiblemente al CYP2J11, provocando una inhibición sostenida. El dietilditiocarbamato, el cloranfenicol, la sulfinpirazona, la fenilbutazona y el propiltiouracilo inhiben el CYP2J11 a través de sus interacciones con el sitio activo de la enzima o el grupo hemo. El dietilditiocarbamato actúa como agente quelante, uniéndose al hierro hemo e interfiriendo con las reacciones catalizadas por el hierro hemo esenciales para la función de la enzima. El cloranfenicol se une al sitio activo, obstruyendo la actividad catalítica. La sulfinpirazona y la fenilbutazona inhiben por inhibición competitiva, compitiendo directamente con los sustratos de CYP2J11. Por último, el propiltiouracilo inhibe la capacidad oxidante de la enzima, afectando al metabolismo de los sustratos por CYP2J11.
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