CT47A阻害剤には、CT47Aの機能的活性を低下させるために様々なシグナル伝達経路や細胞プロセスを標的とする多様な化合物が含まれる。広範なキナーゼ活性を標的とするようなキナーゼ阻害剤は、CT47Aの適切な機能にとって重要なキナーゼを介したシグナル伝達経路をダウンレギュレートすることができる。これらのキナーゼを阻害することにより、リン酸化状態、ひいてはCT47Aの活性に影響を与えることができる。タンパク質合成の阻害剤、例えばトランスロケーションのステップを阻害するものは、CT47Aの産生を停止させることにより、間接的にCT47Aのレベルを低下させる。さらに、プロテアソーム阻害剤は、CT47Aのターンオーバーを制御するタンパク質の分解を阻害することにより、間接的にCT47Aのレベルを低下させる。細胞をG1期に停止させる細胞周期阻害剤もまた、CT47Aを含む細胞周期の進行に関連するタンパク質をダウンレギュレートする可能性がある。
さらに、PI3K/ACT/mTOR経路の特異的阻害剤は、このシグナル伝達カスケードの下流にある、あるいは活性をこのシグナル伝達カスケードに依存しているタンパク質を不安定化させることにより、間接的にCT47Aの阻害につながる可能性がある。mTOR阻害剤はさらにこの経路を破壊し、CT47Aの発現や機能に影響を与える可能性がある。MAPK/ERKおよびJNKシグナル伝達経路の阻害もまた、CT47Aがこれらの経路によって制御されているか、またはこれらの経路と関連している場合には、間接的にCT47Aを阻害する可能性がある。二重PI3K/mTOR阻害剤は、CT47Aを含む下流タンパク質の活性化を阻害する。ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は遺伝子発現パターンを変化させるので、CT47Aの発現がアセチル化によって制御されている場合には、その発現を低下させる可能性がある。PKCを介するシグナル伝達の阻害剤は、CT47Aの活性化または安定化にPKCが必要な場合、CT47Aの活性を低下させる可能性がある。最後に、EGFRのような受容体チロシンキナーゼを阻害する阻害剤は、それが受容体のシグナル伝達ネットワークや下流作用の一部であれば、CT47Aタンパク質を阻害する可能性がある。これらの受容体を阻害することにより、その後の細胞内シグナル伝達が減衰し、上流シグナルからの刺激が少なくなるためCT47A活性が低下する。
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