Os inibidores químicos da CNOX oferecem uma variedade de mecanismos pelos quais impedem a função da proteína. O Ebselen funciona simulando a atividade da glutationa peroxidase, uma enzima crítica para mitigar o stress oxidativo nas células. Ao imitar a função desta enzima, o Ebselen reduz eficazmente as reacções oxidativas que a CNOX catalisa normalmente. Do mesmo modo, o cloreto de difenilenodiodónio adopta uma abordagem direta, impedindo o transporte de electrões nas flavoproteínas, um componente necessário das actividades enzimáticas da CNOX, prejudicando assim a sua função. O modo de ação da apocinina é ligeiramente diferente; interrompe a atividade da CNOX impedindo a formação de complexos NADPH oxidase, que desempenham um papel na produção de espécies reactivas de oxigénio - um substrato sobre o qual a CNOX actua. O alopurinol tem como alvo específico a xantina oxidase, levando a uma diminuição da produção de superóxido, que a CNOX poderia utilizar no seu ciclo catalítico.
Continuando com a série de mecanismos inibitórios, o NDGA e a Auranofina modulam aspectos do ambiente redox celular, que é crucial para a função da CNOX. O NDGA actua inibindo a lipoxigenase, alterando a síntese de leucotrienos e afectando assim o equilíbrio redox. Por outro lado, a auranofina tem como alvo a tioredoxina redutase, uma enzima essencial para a manutenção da homeostase redox, e a sua inibição pode afetar a atividade da CNOX. A capsazepina e a sulfassalazina alteram as vias de sinalização dentro da célula. A capsazepina fá-lo através do seu efeito antagonista nos receptores vanilóides, que estão envolvidos em processos celulares sensíveis à redox, enquanto a sulfassalazina modifica a sinalização NF-kB, que está ligada à resposta do organismo ao stress oxidativo. O DPI (Difenileneiodónio) adopta uma abordagem mais direta, semelhante à do seu homólogo cloreto, prejudicando as flavoenzimas que são essenciais para o transporte de electrões, um passo crítico na ação da CNOX. Por último, o imidazol, o miconazol e o cetoconazol perturbam vários aspectos da atividade das metaloenzimas e das enzimas do citocromo P450, que são componentes essenciais dos processos de transferência de electrões e dos ciclos redox de que a CNOX depende para a sua atividade enzimática. Cada um desses produtos químicos, ao afetar diferentes vias e processos, assegura a inibição da função da CNOX através de interacções moleculares distintas.
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