Cml3の化学的阻害剤は様々なメカニズムで阻害効果を発揮し、それぞれがCml3活性の制御に関与する異なるシグナル伝達経路や細胞内プロセスに相互作用する。例えば、スタウロスポリンは強力なプロテインキナーゼ阻害剤であり、Cml3の活性化に必要なリン酸化を防ぐことができる。同様に、Bisindolylmaleimide Iは、Cml3の活性を制御するものを含む、多数の細胞機能を制御することが知られているプロテインキナーゼCを標的とし、その機能を阻害する。ホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)は多くの細胞プロセスに重要であり、LY294002とWortmanninによる阻害はAktシグナル伝達経路のダウンレギュレーションにつながり、Cml3の活性を阻害する。Akt経路はCml3を含む様々なタンパク質の主要な制御因子だからである。
さらにラパマイシンは、細胞増殖と代謝の中心的分子であるmTOR(mammalian target of rapamycin)を直接阻害し、タンパク質合成とターンオーバーを変化させることによって、Cml3活性に下流から影響を及ぼす可能性がある。MAPキナーゼ経路の文脈では、SB203580とPD98059はそれぞれp38 MAPキナーゼとMEKを特異的に阻害する。p38MAPキナーゼとMEKは、Cml3を制御することができるMAPK経路の不可欠な構成要素であるため、これらの阻害は直接Cml3活性の低下をもたらす。U0126はもう一つのMEK阻害剤で、MAPK/ERK経路の活性化を防ぎ、Cml3の阻害につながる。SP600125は、MAPK経路のもう一つのキナーゼであるJNKを標的とし、その阻害によってCml3を活性化するシグナル伝達カスケードを破壊する。様々なシグナル伝達経路の上流制御因子であるSrcファミリーキナーゼは、PP2とダサチニブによって阻害され、Cml3活性の低下につながる。最後に、Y-27632はRho-associated protein kinase(ROCK)を阻害する。Rho-associated protein kinase(ROCK)は、細胞構築と運動性を制御することができ、間接的にCml3活性を制御し、最終的にCml3活性の抑制につながる。これらの多様なメカニズムを通して、それぞれの化学物質がCml3の機能阻害に貢献することができ、細胞制御の複雑さと、それが調節されうる複数のポイントが示された。
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