Chemische Inhibitoren von CDYL können ihre hemmende Wirkung über die Modulation der Chromatinstruktur ausüben und dadurch die Fähigkeit des Proteins beeinträchtigen, mit seinen Zielen im Chromatin zu interagieren und diese zu verändern. Trichostatin A, Valproinsäure, Mocetinostat, Entinostat, Panobinostat, Vorinostat, Romidepsin, Belinostat, Chidamide, Quisinostat, Givinostat und Tacedinaline sind allesamt Histon-Deacetylase (HDAC)-Inhibitoren, die die Deacetylierung von Histonen verhindern, auf die CDYL möglicherweise abzielt. Diese HDAC-Inhibitoren führen zu einer Anhäufung von acetylierten Histonen, was zu einer offeneren Chromatinkonformation führen kann. Da CDYL für seine Rolle bei der Umgestaltung des Chromatins und der Genregulierung durch Interaktionen mit dem Chromatin bekannt ist, kann der durch diese Inhibitoren hervorgerufene hyperacetylierte Zustand die Fähigkeit von CDYL beeinträchtigen, effektiv an das Chromatin zu binden. Infolgedessen kann die normale Funktion von CDYL, die die Chromatinkompaktion und das Gen-Silencing umfasst, gestört werden.
So können beispielsweise Trichostatin A und Vorinostat das Chromatin in einem hyperacetylierten Zustand halten und damit verhindern, dass CDYL seine repressiven Funktionen auf die Chromatinstruktur ausübt. Die Selektivität von Entinostat für HDACs der Klasse I verändert spezifisch den Acetylierungsgrad von Histonen, die für die Chromatin-Interaktionen von CDYL entscheidend sind. In ähnlicher Weise kann die zyklische Peptidstruktur von Romidepsin und der Benzamid-Klasse von HDAC-Inhibitoren wie Chidamid die Acetylierungsdynamik von Histonen verändern, was zu einer weniger günstigen Umgebung für CDYL führt, um seine Chromatinumbauaktivitäten durchzuführen. Panobinostat, ein pan-HDAC-Inhibitor, beeinflusst die Histonacetylierung auf breiter Basis, was zu einer weitreichenden Verringerung der Interaktion von CDYL mit Chromatin an verschiedenen genomischen Loci führen kann. Die Veränderung der Histonacetylierungsmuster durch diese Chemikalien stört das empfindliche Gleichgewicht der Histonmodifikationen, die CDYL benötigt, um seine Funktion bei der Chromatinorganisation und der Regulierung der Genexpression zu erfüllen.
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