Os inibidores que visam a atividade funcional da Cdc37L1 exercem os seus efeitos bioquímicos através de mecanismos discretos que impedem o papel da proteína em vias de sinalização ou processos biológicos específicos. Uma estratégia proeminente envolve a interrupção direta do ciclo acompanhante Hsp90/Cdc37L1. Vários compostos químicos conseguem este objetivo ligando-se à Hsp90, uma chaperone molecular com a qual a Cdc37L1 se associa para facilitar a maturação dos clientes de cinase. A inibição da Hsp90 por esses compostos resulta numa inibição subsequente da Cdc37L1, uma vez que a sua função de co-ativador depende da integridade e da atividade da Hsp90. Consequentemente, isto leva à desestabilização de clientes de cinase que requerem Cdc37L1 para dobrar e ativar, diminuindo efetivamente a atividade funcional da proteína. A especificidade destes inibidores em relação à Hsp90 e o seu efeito subsequente na Cdc37L1 realça a intrincada interação dentro da maquinaria acompanhante, onde a inibição de um componente pode levar ao comprometimento funcional dos seus parceiros.
Além disso, outros inibidores influenciam indiretamente a atividade de Cdc37L1, visando cinases semelhantes que interagem com Cdc37L1 ou modulando o ambiente molecular mais amplo que rege a atividade de Cdc37L1. Alguns compostos podem exercer os seus efeitos inibitórios competindo com a Cdc37L1 na interação com proteínas clientes, interferindo assim com a capacidade da Cdc37L1 para desempenhar eficazmente a sua função acompanhante. Outros inibidores podem afetar alostericamente a Hsp90, que, apesar de não se ligar diretamente à Cdc37L1, prejudica a capacidade da Cdc37L1 para estabilizar e ativar clientes de quinase devido à funcionalidade alterada do complexo Hsp90/Cdc37L1.
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