Gli inibitori della PI3K come LY294002 e Wortmannin possono alterare le cascate di segnalazione a valle di cui possono far parte proteine come CCDC144B. Ciò può comportare cambiamenti nell'attività delle proteine, compresi stati di fosforilazione alterati che regolano la funzione e le interazioni. Analogamente, gli inibitori di MEK come PD98059 e U0126 interrompono la via MEK/ERK, spesso implicata nei processi di proliferazione e differenziazione cellulare. Alterando questa via, gli inibitori di MEK possono modulare l'attività delle proteine che sono regolate o partecipano a questa segnalazione.
Altri composti, come SB203580 e SP600125, hanno come bersaglio chinasi attivate dallo stress come p38 MAPK e JNK. Queste chinasi partecipano alle risposte cellulari allo stress e possono regolare le proteine coinvolte in queste risposte. Inibendo queste chinasi, i composti possono modulare l'attività delle proteine regolate dalle risposte allo stress. Inoltre, gli inibitori di mTOR come la Rapamicina influenzano la crescita e la proliferazione cellulare, processi che proteine come il CCDC144B potrebbero influenzare. Inoltre, gli inibitori della dinamica citoscheletrica (Y-27632), del metabolismo cellulare (Dorsomorfina), della progressione del ciclo cellulare (ZM-447439) e della degradazione proteica (Bortezomib) possono modulare indirettamente l'attività di un'ampia gamma di proteine alterando l'ambiente cellulare e i processi su cui si basano. Ad esempio, l'inibizione di ROCK con Y-27632 può modificare l'organizzazione citoscheletrica e potenzialmente influenzare le proteine associate a tali strutture. L'inibizione del proteasoma da parte di Bortezomib può portare a un accumulo di proteine, tra cui CCDC144B, influenzandone il turnover e i livelli di stato stazionario.
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