CBF-Bの化学的阻害剤は、重要な制御過程を阻害することによってタンパク質の活性を阻害する様々なメカニズムによって機能する。Ro-31-8220、Go6976、Chelerythrine、Bisindolylmaleimide Iはすべて、リン酸化事象において極めて重要な役割を果たすキナーゼであるプロテインキナーゼC(PKC)を標的とする。これらの化学物質によるPKCの阻害は、CBF-Bの機能状態にとって重要なリン酸化を阻害し、その結果、CBF-Bの阻害につながる。例えば、Go6976はPKCを選択的に阻害し、CBF-Bと相互作用するか、あるいはCBF-Bを制御するタンパク質のリン酸化を減少させ、その機能を阻害する可能性がある。同様に、ChelerythrineとBisindolylmaleimide Iもまた、CBF-Bの制御に関与すると思われる基質を含む、PKCの基質をリン酸化する能力を阻害し、最終的にCBF-B活性を低下させる。
さらに、H-89とKT5720はプロテインキナーゼA(PKA)の阻害剤であり、細胞内でいくつかの基質をリン酸化することができるもう一つのキナーゼである。LY294002とWortmanninは、ホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)を阻害する。PI3Kは、CBF-Bのような転写因子を制御しうる複数のシグナル伝達カスケードに関与する酵素である。PI3Kの阻害は、これらのシグナル伝達経路の破壊につながり、CBF-Bの機能的阻害をもたらす。タンパク質合成と活性の重要な制御因子であるmTORを阻害するラパマイシンもまた、CBF-Bの活性を制御する経路を阻害することにより、CBF-Bの機能低下につながる可能性がある。PD98059とU0126はMAPキナーゼ経路を標的とする。PD98059はMAPキナーゼそのものを阻害し、U0126はMAPキナーゼの上流にあるMEKを阻害する。この阻害により、CBF-Bの活性に影響を与えるシグナル伝達経路を減弱させることができる。最後に、p38 MAPK阻害剤であるSB203580は、CBF-Bを含む転写因子の適切な機能に必要な経路を阻害するため、その阻害につながる。これらの化学物質はそれぞれ、特定のキナーゼやシグナル伝達経路を阻害し、細胞内でのCBF-B活性の阻害につながる。
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