カリシンの化学的阻害剤は、様々な生化学的経路や細胞プロセスを通して阻害を達成することができる。L-グルタミン拮抗薬である6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシンは、カリシンの安定化と適切な機能に不可欠なL-グルタミンの利用可能性を阻害する。同様に、アロプリノールはカリシンの安定化の基質となる尿酸の産生を減少させ、機能障害を引き起こす。選択的プロテインホスファターゼ2A阻害剤であるフォストリエシンと、プロテインホスファターゼ1および2A阻害剤であるオカダ酸は、カリシンの活性化に不可欠な脱リン酸化過程を阻害する。これらの化合物による脱リン酸化の阻害は、カリシンを活性化する、あるいは活性状態を維持する調節機構を破壊する。オワバインは、イオン勾配を維持する酵素であるNa+/K+-ATPaseを標的としているため、カリシンが依存している細胞恒常性を変化させることにより、間接的にカリシンの活性に影響を与える。
さらに、ツニカマイシンはN-結合型グリコシル化を阻害し、グリコシル化タンパク質の適切なフォールディングと安定性を妨げ、カリシンがその活性のためにグリコシル化を必要とする場合には、カリシンの機能阻害につながる可能性がある。ブレフェルジンAは、小胞体とゴルジ体の間のタンパク質輸送を阻害し、カリシンが機能するために適切な細胞内の場所に到達するのを妨げて、カリシンを阻害する。シクロスポリンAとラパマイシンは、それぞれカリシンが活性化のために依存するシグナル伝達経路の一部であるカルシニューリンとmTORを抑制することによって阻害作用を発揮する。イオノフォアであるモネンシンは、細胞内のイオン勾配とpHを乱し、カリシンの機能に必要なイオンのホメオスタシスを阻害することによってカリシンを阻害する。タプシガルギンは、SERCAを阻害することにより、カリシンの機能にとって重要なカルシウムシグナル伝達経路を変化させる。最後に、強力なキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、カリシンの活性化に必要なリン酸化を阻害することによってカリシンを阻害し、そのシグナル伝達経路の中でカリシンの機能にとって重要な分子間相互作用をターゲットにする。
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